很显然，尝试用量子理论来解释化学的方法只能随着量子力学在20世纪的发展而出现，但是这种还原论方法的历史却由来已久。一般而言，还原论是指这样一种观点，即一门科学，比如化学，可以还原至更加”基础性的”科学，对于化学而言，这种所谓的基础科学即是物理学。还原论的核心概念是科学之间具有等级性，即更加基础性的科学（通常是指物理学和数学）与被看作是行生科学或者副现象科学之间存在等级性，衍生科学从化学开始，然后经过生物学逐级传递至人类科学，比如社会学或者心理学。对于把人类心理学还原至神经科学的这种尝试我们并不陌生，这也得益于大众媒体的传播，不过与简化化学相互作用至物理学规律的尝试相比，上述这种人类心理学的简化尝试是从近代才开始的。1669年，首位也是最著名的巴黎皇家科学院的终身秘书本纳德·方特纳尔（Bernard Le Bovier de Fontenelle），作了以下比较：

       通过可见的化学操作将实体分解成一定数目的粗略的有形要素，比如盐、硫磺等。虽然物理学通过精密推测作用于原理并将它们分解成更加简单的原理，如同化学作用于实体并将它分解成以无数方式塑造和运动的更小的实体，这是物理学与化学之间的主要差别……化学的精神更加混杂，更加密集，这种精神更像是混合体，其中的要素彼此混合在一起，而物理学的持神更加清晰，更加简单，障碍较少，并且最终直达事物的起源，而化学精神并不通向事物的终点（终极现实）。

       随着时间的流逝，方特纳尔的历史和科学语言已经失去了参考价值，然而他对化学精神与物理学精神所作的比较仍然十分中肯。事实上，许多科学家利用类似的论证来合理化物理学和化学之间的科学或者哲学任务划分。因而，化学的目的通常旨在提供主导物质转变的原理，而致力于揭示大自然终极构成及其行为所遵循的基本定律的却是物理学。从这个科学哲学的经典视角来看，化学家们面临着一个选择：他们要么接受正统的哲学观并退居物理学统治的科学世界中的次等地位；要么起来造反，英勇抵抗强大的邻邦科学的帝国主义野心。只要我们从与经典本体论问题相关的抽象认识论角度去看待这类问题，那么类似于化学家所面临的这种两难境地将牢固存在于科学哲学当中。当科学被看作一项本质上统一的、紧密相连的事业，旨在解决已明确界定的终极本体论问题时，物理学家自然会探求事物的纯粹和完整形式，而化学家则看不到实践和经验之树上的隐藏木材，那么当仁不让的物理学家与思想狭隘的化学家间的对立是很自然的事情。在实践中，很显然物理学家将总是处在科学知识的前沿，而化学家则注定是次要角色。

       然而，上述方式不是科学哲学问题唯一的呈现方式。在这里我们想要表达，化学家们是如何开始界定化学自身的关于物质的危机，以及如何开始发展与化学实践相关的对于伦理责任的理解。从这方面看，化学家们是在为属于他们的特定哲学领地划界，它与物理学家及其所熟悉的传统和关注点迥异。